微生物菌肥适用于所有的作物。施用微生物菌肥后普遍使土壤生物量增加，如果同时配施
有机肥，水分温度得到满足时，微生物繁殖加快，生物功能更加活跃，微
生物肥料的多种特性得到充分发挥。不同的作物是否对不同的微生物加料有不同的要求？直至目前，由于农田土壤巨大的缓冲性，使用不同的微生物在不同的作物上没有表现太多的不同作用。微生物肥料的作用是和有机质共存共同显现的，保证质量的微生物菌剂在不同的作物上表现出更多的普适性。
在微生物肥料品种大类划分上应该注意对不同作物的适用性。例如，在生物有机肥中，在保证微生物存活率的前提下添加无机化肥的（俗称生物有机无机复合肥，有些地区称全价复合肥），就应注意不同作物对氮磷钾的不同需求。为了保花保果的目的，在开始显现花蕾时，就可以采用发酵的液态生物肥喷施。在苹果园里将落叶和修剪下的枝条拌入微生物菌液或菌肥后覆土，对来年产量和品质都有正面效果。如果果园树下种了绿肥，可施豆科相匹配的根瘤菌肥，在翻耕绿肥入土时同时喷菌液或拌入菌肥效果非常好。
茶园不应一味地追求产量而施过多的氮肥，从而影响茶叶品质。茶农的收益不仅来自产量，品质也是决定收益的重要因素。应用微生物肥料，可以减少树下枯枝败叶的存量，配以少量化肥，对提高作物品质和产量都有好处。同样烟草田施用微生物肥可以减少残存烟叶和烟梗的残留，同时与微生物肥翻入土中，连年如此可减少病害，改善品质。
免耕水稻田为了防止灌水后未造粒散装生物有机肥大量浮于水面随风飘荡，宜选用造粒生物肥。液体生物肥用于插秧前的浸秧苗根，扬花前夕喷施都取得了很好的效果。微生物肥料用在中草药生产中都有不错的效果，一方面减少了化肥用量，另一方面保证了中草药的有效成分不致下降。
蔬菜大棚里没有风吹，就可选用价廉未经造粒的固体生物肥，可以节约因造粒而抬高的成本。施用液体生物肥可以节约劳动力。大棚中连年施用生物菌肥可以减少棚内的植物病虫害。
微生物都需要一定的营养才能繁殖生长。用矿粉作吸附载体的微生物肥料，用于板结或沙化土壤效果欠明显，只能用于有大量有机质的秸秆还田的土壤或有机质非常丰富的田地，其效果显著。
如果是与植物体共生的结瘤性微生物可从植物体得到营养，繁殖生长。草原豆科牧草对土壤要求低，缺少有机质的土壤也生长良好。
利用植物光合作用产生的能量物质，将空气中的氮气变成植物可利用的氮肥，这种有固氮能力的根瘤菌肥特别适合于不施肥的草原种植豆科牧草，如苜蓿。豆科牧草是提供人类优质蛋白的植物，牛羊喂饲这类牧草后产奶多、质量好，奶制品含蛋白多，长肉特别快。
但是，给肥沃土壤特别是大量使用氮素化肥的地块，施用固氮的根瘤类微生物菌肥，则效果不明显，例如有些花生大豆田块撒施尿素。固氮类的生物菌肥当环境中有肥料可吃，它们决不肯花力气去从事消耗体力的生物固氮工作来肥田的（即固氮酶的氨阻遏效应）。
因此，使用生物菌肥应该注意应用作物种类和环境特点，才能获得期望的效果。
