有机肥烧根，并不单纯地是由于温度升高，把作物根系烧死了，当未完全发酵腐熟或者说没有发酵的有机物料施入土壤以后，它会把作物根系烧死。主要原因有两种：
第一点，就是未完全发酵腐熟的有机物料，碳氮比通常是不合适的，有机物料里面的脂肪、蛋白等这些养分未完全转化，这样的有机物料在地里面它会出现二次发酵，因为在地里面的发酵是处于一个厌氧发酵的过程，不是有益菌在发酵，而是土壤里面的土著菌，也就是我们常说的杂菌在发酵，这些杂菌在厌氧的状态下，分解出来了甲烷、硫化氢等这些有毒的气体，这些有毒的气体就会抑制作物根系的生长。早期这些作物根系出于一个自我保护的意识，它会分泌出一种铁的物质，也就是慢慢的变成褐根，如果我们没有及时地去处理，那这个作物根系就会变黑根烂根了。
第二点烧根的原因，就是生物夺氧。未完全发酵腐熟的有机物料，在土壤厌氧状态下它非常适合这些杂菌快速大量的繁殖，这些杂菌在繁殖的过程中，就需要大量的氧气、养分、水分等等，这时候我们作物的这些幼根，它已经被甲烷、硫化氢这些气体抑制它的生长了，本来幼根就处于一个弱势的状态，它自然是抢不过这些杂菌的。
有种植朋友可能会有疑惑，土壤里面有土著菌、杂菌，难道它就没有有益菌吗？其实，在厌氧状态下，土壤不蓬松的状态下，有益菌它是很难占据优势的。
以上的这两种情况，温度越高，出现这种状况就越快，未完全发酵腐熟的有机肥所说的烧根，基本上就是上面这两种原因引起的，它并不是单纯的因为物料的温度高造成烧根的。
